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在虚拟的世界，主角等人的天敌是雨果这几个监控程序。在真实的世界，众人的敌人是机器人。
对付机器人，飞船上只有一种杀手锏有用，那就是电磁脉冲。
这玩意儿能使射程内所有电子系统失灵，这其中，自然包括哪些八爪鱼似的机器人。
但是，最可怕的往往不是外界的敌人，而是内鬼。
墨菲斯的船员中，有一个名为塞弗的白人男子。他和主角之间有过几个镜头，他开玩笑说自己当初很后悔选择了红色药丸。
如果有再来一次的机会，他说自己一定会选择蓝色药丸，然后沉浸在矩阵中，不去理会人类和机器人之间的斗争。
当时，观众们还以为他只是说着玩玩的，但没想到这家伙是真的打算背板人类，重新作为一个电池进入矩阵之中。
......
电影过半，塞弗偷偷进入矩阵，然后和特工雨果见面。并且答应雨果，拿墨菲斯来换取他重新进入矩阵的权利。
并且，他要财富，他要地位，他要名气，他还要忘记在真实世界的一切！
看到这里，许多观众都不禁心生怒意，但是愤怒之后，充斥全身的又是无可奈何。
设身处地的想想，在残酷的真实和美好的虚拟之中，又有多少人会选择残酷的真实呢？
塞弗做出了一个很正常的决定，虽然这个决定放在道德的制高点上，十分地令人可耻。
忽然，有观众想到了韩秋在电影前问的问题。
“你们觉得是沉迷在安稳的虚假世界里好，还是待在残酷的现实世界好？”
当初很多人都信誓旦旦地选择了后者，但现在看来.......
如果凭借本心说话，还有多少人会选择后者呢？
这是一个令人纠结至极的选择。
......
之后，墨菲斯带着尼奥还有船员们再次进入矩阵，去见先知：一个面目慈祥的老太太。
在这里，尼奥见到了许多有着奇异能力的小孩子，比如，让物体悬浮，让勺子弯曲。放在以前，观众们会以为这是特异功能。但现在嘛......
在矩阵中，什么都有可能发生。
这些，也不过是一串数据而已。
那个让勺子弯曲的小孩子告诉尼奥，“你需要认清事实，弯曲的并不是勺子，而是你自己！”
先知则告诉尼奥，“你将做出选择，你一只手握着墨菲斯的命，一只手握着自己的命，你们之中有一个会死，但选择权，在你的手里！”
先知不愧是先知，说的话莫名其妙，至少，很多观众都感觉有点似是而非。
之后，众人准备离开矩阵时，因为塞弗的背叛，众人遭到了追杀。原本设定好链接现实的电话线都被剪断。
这些电话线，是他们和现实之间的出入证。一开始安妮在电话亭里消失，就是这个原因。
最后，大战爆发。虽然战斗很炫酷，枪火交战很刺激，但结果却是悲剧的。
墨菲斯被雨果抓走，塞弗利用自己和特工是友军的身份，在没进入矩阵的接线员不知道他已经背叛的情况下，他成功利用接线员的信任，先一步回到了现实世界中。
然后又用武器偷袭接线员，并在之后一一拔掉进入矩阵的船员脑后的插头，让他们直接当场死亡！
这就是可悲之处，没死在杀毒软件手里，死在了自己人的手上。
就在塞弗要把拔掉尼奥的插头时，之前他本以为已经死去的接线员却大难不死，幸存了下来，并且成功将他反杀！
但即便这样，船员们除了墨菲斯和男女主角外，其他进入矩阵的人，通通都死完了。
而且，这不是最主要的。仅存的几个人面临着一个更大的难题。
那就是墨菲斯被抓走了，一旦雨果从他的口中套出锡安主机的接入口令，那么，人类最后的聚集地，将会毁于一旦。
所以，他们别无选择，只能拔掉墨菲斯的插头，让他死掉。死人，总是保守秘密的最佳人选。
就在这时，尼奥突然想起了先知对他说过的话。他要做出选择，在他自己和墨菲斯的性命之间。
现在，就是做出选择的时刻了！
黑客帝国作为商业电影，肯定有商业电影的风格，作为救世主的主角肯定要甩一甩王霸之气啊。
所以，他选择再次进入矩阵，以身犯险！
无论是为了墨菲斯这个兄弟，还是为了全人类！
........
看到这里，很多观众也是感慨不已。尼奥要去救墨菲斯，谈何容易？
关押墨菲斯的地方，三个特工都在，还有数不清的警察严阵以待，想要突破重围，并在雨果这几个杀毒软件手下救人，无疑是异想天开。
没看到众人之前见到雨果几人就跑吗？
无他，因为这几个怪咖，打又打不过，杀又杀不死，杀死了还能复活。这种逆天的存在，怎么打？
在观众们复杂的心情下，电影终于来到了大高潮。
尼奥和安妮再度进入矩阵，准备联手拯救墨菲斯。
这一段，没什么可说的，就是里奥和安妮的表演时刻。
铁与血的交融，枪与火的碰撞，再加上男女主角之间偶尔惊鸿一瞥的暧昧，在无数建筑物被破坏的背景下，二人联手杀进了关押墨菲斯的大楼。
在完美的特效下，这一段激烈的战斗看的观众们如痴如醉。特别是尼奥躲子弹时，那时间近乎停滞，但空间高速移动的场面，更是让众人大呼痛快！
爽！
为毛好莱坞的商业大片能捞这么多牌票房，不就是建立在这种让人飙升肾上腺素的镜头之上吗？
最后，尼奥和安妮救出了墨菲斯，但是离开矩阵的时候，只有安妮和墨菲斯逃了出去，他刚想离开，电话就被赶来的雨果一枪打爆。
到这里，似乎先知的预言已经实现了大半了。
在他和墨菲斯之间，总有一个人会死去。他救出了墨菲斯，但是他自己却走不掉了。
冥冥之中，自有天数啊~~~~
果然，面对近乎无敌的雨果，即便他现在的身手已经超过了墨菲斯，但他依然强的有限，依然不是雨果的对手。
所以，在和雨果大战一场后，他败了。虽然侥幸逃脱，但还是被三个跟屁虫一般的特工追杀着。
与此同时，在真实世界，飞船也被赶来的机器八爪鱼大军所包围。
虽然他们有电磁脉冲武器可以对付机器人，但是一旦动用这玩意儿，不仅机器人完蛋，尼奥也要完蛋。因为这东西是无视一切攻击的，只要是电子设备，在它的面前，都将失灵。
这其中，也包括了链接真实世界和虚拟世界的设备。
一旦在尼奥脱离虚拟世界之前使用脉冲武器，那么，尼奥也会死亡。
但问题就在于，尼奥被几个特工追杀，根本就没有“接电话”的机会。
看到这里，许多观众都心生绝望。
果然，这部电影也继承了韩秋悲情导演的尿性吗？
“这是绝境啊，真实世界有机器人，虚拟世界，尼奥又被追杀，好好的脉冲武器也不能用，根本就是进退两难嘛。”
“真是好纠结啊，墨菲斯使用武器，保住了自己，尼奥就死。不用武器，自己也会死，然后飞船被机器人占领，尼奥的下场也好不到哪去。这么看，主角横竖都是死啊！”
“我只想说，先知是真的牛逼，奶奶的，说的分毫不差啊，这两个人，总得死去一个。”
“能不能都别死....虽然以韩半仙的尿性，这99%都不可能。”
“蛋疼......悲剧又要上演。”
果然，就跟很多人所想的那样，主角被三个面瘫特工追杀到一个角落，然后被雨果用枪打中。连续几枪下去，主角的呼吸也渐渐消失。
其中一个特工还特意检查了一下主角的情况，并确认其彻底死亡。
这一幕出现后，观众的心彻底绝望了。
主角...终究还是死了吗。
.......
电影还没结束，同样绝望的女主角，在尼奥现实的身体前，留下了眼泪。
“你不能死，尼奥。”
“先知以前告诉我，我会爱上一个男人。”
“这个男人就是救世主。”
“所以，你不能死，不能死。”安妮哽咽道，“因为，我爱你，你听到了吗？我爱你。所以，你不能死。”
话音落下，安妮对着尼奥的嘴唇，深深地吻了下去。
而就在此刻，尼奥本来已经沉寂下去的脑波，再一次动荡起来。
这一刻的峰回路转，让无数观众瞪大了双眼？
啥？
韩半仙让主角复活了？
这...特么的是爱情的力量？
.....
虚拟世界之中，躺在地上的尼奥睁开了双眼，干脆利落地站了起来。
雨果三人见状，不约而同地拔出手枪，射出了子弹！
尼奥淡淡地看着这一切，冷声道：“NO！”
说完，他抬手对着虚空一按，那些子弹竟然在空中停滞了下来，就吐同深陷泥潭一般，动弹不得。
最后，这些子弹就这么软弱无力地掉在了地上。
看着这一切，墨菲斯等人傻眼了，喃喃道：“他真的是救世主！”
观众们也不由自主地咽了一口唾沫，心中数十万只***奔腾而过。
卧了个槽，又特么是反转！
而此时此刻，尼奥的视野之中，他看到了这个世界的本质。
周围的建筑物，包括雨果几个面瘫，都化成了一缕缕的数据代码。那些字符，就如同血液一般在他们的身体内流动。
现在的他，一举一动都有改变这些代码的能力，他的呼吸，能影响这个世界的脉搏。简而言之，在这里....
他就是神！
所以，当雨果再次冲上来和主角打斗时，主角很随意地就能应付，甚至他只用了一只手，甚至他都不用去看雨果的动作....
最后，他化作一道流光钻进了雨果的身体，然后破体而出，将雨果炸成了碎片。
其余两个特工见状，立马闪人。开玩笑，老大都干不过，自己还留在这儿干嘛？
解决了虚拟世界的危机后，尼奥赶紧“接上电话”，回到了现实世界。与此同时，墨菲斯也在这性命攸关的时刻按下了脉冲武器的按钮。
唰！
一阵扭曲的光芒光芒波浪板扩散开来，所有被接触的机器人都化成一滩烂泥，倒地不起。
大战，终于是圆满落下了帷幕。
这时，屏幕一黑，一串串代码出现在屏幕之上，就和电影开头一模一样。
透过这些代码，尼奥站在虚拟世界的大街上，在越来越激昂的音乐下。
他冲天而起，飞向蓝天.....
至此，电影结束！
而全场的观众却是被这最后短短十分钟发生的事情吓懵了，特别是尼奥最后飞入天空那一幕，更是让众人震撼地无以复加。
主角，这是成神了啊......